Comment faire sa comptabilité en auto-entrepreneurs ?

6 min

Mis à jour le 25 mars 2026

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La comptabilité d’un auto-entrepreneur est allégée mais reste importante. Découvrez comment optimiser votre gestion tout en respectant vos obligations légales.
Mini-sommaire

Obligations comptables en micro-entreprise

Même si la comptabilité d’un auto-entrepreneur reste allégée, vous devez répondre à des exigences légales. Voici les principaux points à ne pas négliger :

  • Tenue du livre des recettes
  • Registre des achats (pour certaines activités)
  • Déclaration du chiffre d’affaires (mensuelle ou trimestrielle)
  • Conservation des justificatifs pendant 10 ans
  • Établissement de factures conformes
  • Ouverture d’un compte bancaire dédié (au-delà de 10 000 € durant 2 ans)

Tenue du livre des recettes

Vous devez enregistrer au fil de l’eau chaque encaissement. Notez la date, la référence de la facture, le nom du client, la nature de la prestation, le montant et le mode de paiement.

Choisissez un logiciel certifié pour éviter les oublis et conserver la valeur probante de vos écritures.

Registre des achats (le cas échéant)

Si vous vendez des marchandises, des fournitures, des denrées alimentaires ou offrez un hébergement, tenez un registre des achats. Inscrivez chaque dépense avec la date, le fournisseur, le montant et le mode de règlement.

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Déclaration du chiffre d’affaires

Déclarez votre chiffre d’affaires à l’Urssaf tous les mois ou tous les trimestres, même si votre CA est à zéro. C’est de cette base que seront calculées vos cotisations sociales.

Planifiez une alerte mensuelle dans votre calendrier pour ne rater aucune échéance.

Conservation des justificatifs

Tous vos documents (factures, bons de commande, tickets) doivent être conservés pendant 10 ans. En cas de contrôle, l’administration peut revenir jusqu’à une décennie en arrière.

Numérisez vos pièces et optez pour une solution cloud certifiée afin de gagner en espace et en sécurité.

Établissement des factures

Chaque vente ou prestation de service nécessite une facture contenant :

  • Numéro et date de la facture
  • Identité du vendeur et du client
  • Description des produits ou services
  • Montant HT, taux et TVA si redevable
  • Mentions « TVA non applicable, article 293B du CGI » si franchise en base

Une facture incomplète peut entraîner une amende allant jusqu’à 75 000 €.

Compte bancaire dédié

Si votre CA dépasse 10 000 € pendant deux années consécutives, ouvrez un compte exclusivement dédié à votre activité. Cela simplifie le suivi et évite toute confusion avec vos opérations personnelles.

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Tenir son livre des recettes

Le livre des recettes est la clé de voûte de votre comptabilité auto-entrepreneur. Il permet de retracer, au fil de l’eau, chaque encaissement lié à votre activité. Sans ce document, vous ne pouvez pas justifier votre chiffre d’affaires auprès de l’administration fiscale.

Pour bien démarrer, choisissez votre support : un registre papier certifié ou un logiciel dédié. Évitez Excel : l’administration considère qu’un fichier modifiable n’est pas fiable.

Chaque encaissement doit comporter six informations :

  • Date d’encaissement
  • Référence de la facture
  • Identité du client
  • Nature du produit ou service
  • Montant encaissé
  • Mode de règlement

Pour visualiser, voici un exemple de ligne dans votre livre :

Date15/05/2024
Réf. factureAE-1023
ClientEntreprise X
NatureCréation site
Montant1 200 €
RèglementVirement

Votre registre des recettes doit être tenu à jour en continu. En cas de contrôle, il prouve la cohérence de votre chiffre d’affaires. Ne laissez pas de trou dans votre suivi !

Registre des achats pour activités spécifiques

Dans certaines activités de vente de marchandises, de fournitures, d’aliments ou d’hébergement, la tenue d’un registre des achats est obligatoire. Il suit chaque dépense professionnelle et se tient en complément du livre des recettes.

Qui doit le remplir ?

  • Vente de marchandises
  • Fourniture de denrées alimentaires
  • Prestation d’hébergement

Ces auto-entrepreneurs doivent impérativement tenir ce registre pour rester en conformité et éviter tout redressement fiscal.

Que doit contenir le registre ?

Le tableau chronologique doit comporter les champs suivants :

  • Date de l’achat
  • Référence du justificatif
  • Nom du fournisseur
  • Nature de la dépense
  • Montant TTC
  • Mode de règlement

Bonnes pratiques

Enregistrez chaque ligne dès la réception de la facture. Privilégiez un logiciel certifié ou un registre papier inaltérable. Conservez ces informations pendant 10 ans pour répondre aux exigences de l’administration fiscale.

Déclarer son chiffre d’affaires et la TVA

Franchise de TVA et seuils applicables

En tant qu’auto-entrepreneur, vous bénéficiez d’une franchise de TVA. Concrètement, vous n’ajoutez pas de TVA à vos factures tant que votre chiffre d’affaires ne dépasse pas certains seuils. Il est essentiel de suivre votre CA au fil de l’eau pour rester dans les clous.

Voici les plafonds à retenir :

Type d’activitéSeuil de franchiseSeuil majoré
Prestations de services37 500 €41 250 €
Vente de marchandises et hébergement85 000 €93 500 €

Selon votre CA :

  • En-dessous du seuil de franchise : pas de TVA à facturer.
  • Entre les deux seuils : vous restez en base mais vous devenez redevable l’année suivante.
  • Au-dessus du seuil majoré : facturation et déclaration de TVA dès le mois du dépassement.

Conserver les justificatifs et gérer le compte bancaire dédié

Conserver les justificatifs

Chaque facture, chaque ticket, chaque note de frais compte. En cas de contrôle, l’administration peut remonter jusqu’à 10 ans en arrière. Il ne suffit pas d’empiler des papiers : il faut organiser.

  • Classez vos pièces par année et par type (clients, fournisseurs, frais divers).
  • Numérisez au fur et à mesure avec un logiciel certifié pour garder la valeur légale.
  • Renommez chaque fichier avec la date et le nom du fournisseur ou du client.

Ouvrir et utiliser un compte bancaire dédié

Si vous dépassez 10 000 € de chiffre d’affaires pendant deux ans consécutifs, un compte séparé devient obligatoire. Même en dessous, c’est une bonne pratique pour suivre vos encaissements et paiements.

  • Choisissez un compte professionnel ou un compte courant réservé à votre auto-entreprise.
  • Vérifiez que les frais bancaires restent raisonnables et sans coûts cachés.
  • Synchronisez-le avec votre outil de comptabilité pour un suivi en temps réel.
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Il faut tenir le livre des recettes, un registre des achats le cas échéant, déclarer son CA régulièrement, conserver les justificatifs 10 ans, établir des factures conformes et ouvrir un compte bancaire dédié si nécessaire.
Enregistrez chaque encaissement avec date, référence, client, nature, montant et mode de paiement. Utilisez un logiciel certifié pour assurer la fiabilité de vos écritures.
Une facture incomplète peut entraîner une amende allant jusqu’à 75 000€. Respectez scrupuleusement les mentions obligatoires pour éviter toute sanction.

Article mis à jour le 25 mars 2026

Image de Noëline Dupuped
Noëline Dupuped
Rédactrice spécialisée dans les sujets liés à la facturation, à la gestion et aux outils pour indépendants. Elle aide les freelances et entrepreneurs à mieux gérer leur activité avec Selki.

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